O Conselho Municipal de Saúde de Manaus – CMS/MAO foi instituído pela Lei nº. 066 de 11/06/91 e regulamentado pelo Decreto nº. 1.056 de 01.04.92, que também instituiu o seu Regimento Interno. Citamos como conquista a criação da Logomarca, a criação do Disque Denúncia, as Conferências de Saúde, a Municipalização dos serviços de saúde na atenção básica, as edições da Cartilha Memorial do Conselho e da Cartilha Por Que Conselho, os Boletins Informativos.
Em 2007 o CMS/MAO teve sua Lei alterada para se adequar à composição e à paridade recomendada pela Resolução 333 do Conselho Nacional de Saúde. Esta alteração significou um novo marco porque nela foram incluídas a Implantação dos Conselhos Locais e Conselhos Distritais de Saúde, o Presidente passou a ser eleito entre seus pares e o Conselho passou a ter o percentual mínimo de 0,5% (meio por cento) sobre o orçamento municipal destinado à saúde, referente ao Tesouro Municipal. O Regimento Interno do CMS também se adequou a Lei Municipal de n° 1.094, de 09/01/2007 através do Decreto nº 9.807, DE 13 DE NOVEMBRO DE 2008 publicado no Diário Oficial do Município nº 2087 de 17 de novembro de 2008. Registre-se que neste Regimento a Semana do Controle Social da Saúde de Manaus instituída em 2006 passa a ser um evento permanente no mês de junho, como parte integrante das atividades alusivas ao aniversário do CMS. Outro avanço importante na história do CMS/MAO é a apresentação trimestral do Relatório de Gestão da Secretaria Municipal de Saúde ao CMS.
Em dezembro de 2008 foram implantados 27 Conselhos Locais de Saúde – CLS e em 2009 mais 16 CLS. Em julho de 2011 o Conselho Municipal de Saúde realizou a VI Conferência Municipal de Saúde de Manaus etapa municipal da 14ª Conferência Nacional de Saúde.
